當采用處理流程時，醫院污水應與職工生活區污水、雨水分流，僅對醫院污水進行消毒處理；當采用二級或深度處理流程時，根據需要，職工生活區污水可與醫院污水河流進行處理，但廚房用水設隔油井（池）。醫療污水處理設備根據醫院污水的特點，一般采用成熟的“厭氧水解+生物接觸氧化+消毒”的工藝。

污水處理站的作用是對生產、生活污水進行處理，達到規定的排放標準，是保護環境的重要設施。工業發達國家的污水處理站已經很普遍，而我國村鎮的污水處理站很少，但今后會逐漸多起來。要使這些污水處理站真正發揮作用，還需要靠嚴格的排放制度、組織和管理體制來。

處理主要是去除污水中呈懸浮狀態的固體物質，常用物理法。處理后的廢水BOD去除率只有20%，仍不宜排放，還須進行二級處理。二級處理的主要任務是大幅度去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機物，BOD去除率為80%～90%。一般經過二級處理的污水就可以達到排放標準，常用活性污泥法和生物膜處理法。三級處理的目的是進一步去除某種特殊的污染物質，如除氟、除磷等，屬于深度處理，常用化學法。
工藝特點 ：好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。
適用范圍： 適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院污水處理。
現代污水處理技術，按處理程度劃分，可分為、二級和三級處理，一般根據水質狀況和處理后的水的去向來確定污水處理程度。 處理主要去除污水中呈懸浮狀態的固體污染物質，物理處理法大部分只能完成處理的要求。經過處理的污水，BOD一般可去除30%左右，達不到排放標準。處理屬于二級處理的預處理。 二級處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機污染物質（BOD，COD物質），去除率可達90%以上，使有機污染物達到排放標準，懸浮物去除率達95%出水效果好。 三級處理進一步處理難降解的有機物、氮和磷等能夠導致水體富營養化的可溶性無機物等。主要方法有生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法等。
物理處理法： 通過物理作用分離、回收廢水中不溶解的懸浮狀態污染物(包括油膜和油珠)的方法，可分為重力分離法、離心分離法和篩濾截留法等。屬于重力分離法的處理單元有沉淀、上浮(氣浮)等，相應使用的處理設備是沉砂池、沉淀池、隔油池、氣浮池及其附屬裝置等。離心分離法本身就是一種處理單元，使用的處理裝置有離心分離機和水旋分離器等。篩濾截留法有柵篩截留和過濾兩種處理單元，前者使用的處理設備是格柵、篩網，而后者使用的是砂濾池和微孔濾機等。以熱交換原理為基礎的處理方法也屬于物理處理法，其處理單元有蒸發、結晶等。