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實驗室污水處理流程大致分為三個主要步驟，包括預處理，主要處理和二次處理。
1、是預處理，它旨在去除進入處理過程的大顆粒物和沉淀物。這些物質通常來自于實驗室中的懸浮固體物質，比如細胞，細菌等。預處理可以采用鏡像過濾，離心等方式。
2、是主要處理，主要處理的目標是去除水中的有機物質、氮和磷鹽等污染物。這一步驟的實現通常采用生物處理方式，也就是通過微生物將污染物質分解掉，通常會使用生物濾池或污泥法系統來處理。
3、是二次處理，其目的是去除在主要處理中沒有被去除的殘余污染物，這需要進一步處理。例如，用深度過濾技術將污染物在化學過濾和膜過濾中去除。
實驗室廢液處理方法有以下幾種：
實驗室廢液處理
1).溶劑萃取法
①對含水的低濃度廢液，用與水不相混合的正己烷之類揮發性溶劑進行萃取，分離出溶劑層后，把它進行焚燒。再用吹入空氣的方法，將水層中的溶劑吹出。
②對形成乳濁液之類的廢液，不能用此法處理，要用焚燒法處理。
生物化學處理法
用活性污泥之類東西并吹入空氣進行處理。例如，對含有乙醇、乙酸、動植物性油脂、蛋白質及淀粉等的稀溶液，可用此法進行處理。
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