醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。 適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院處理。

醫療廢水來自醫院，含有大量的病原細菌、病毒和化學藥劑，需要特殊工藝處理。醫療污水主要是從醫院的診療室、化驗室、病房、洗衣房、X片照相室和手術室等排放的污水，其污水來源及成分十分復雜。醫院污水中含有大量的病原細菌、病毒和化學藥劑，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染的特征。

一般對醫療廢水處理設備技術進行篩選時，以下主要因素是考慮在內的：
　　（1）污水的水質。各類污水中，生活污水的水質較為穩定，常規的處理方法為生物處理、酸化、消毒等。工業廢水的性質比較復雜，需要結合水質特點，測定污水的成分及含量后選擇處理工藝流程。
　　（2）污水水量。當污水的水量和水質變化較大時，在處理工藝的選擇上，考慮采用抗沖擊負荷能力強的技術，或是考慮設置緩沖設施，如調節池等來降低不利影響。
　　（3）建設及運維成本。在對醫療廢水處理設備技術進行選用時，需要對經濟性予以考慮，如污水處理設備設施建設的總體投入，建成投用后的運維費用等。
　　醫療廢水處理設備基本條件是：
　　1）廢水中應有足夠的可溶性易降解物質，作為微生物S理活動必需的營養物，一般活性污泥法定期投加按一定配比的營養物質，這樣增加了運行費用和管理難度；
　　2）混合液含有足夠的溶解氧，活性污泥池長有好氧原生動物，氧的需求量較大；
　　3）活性污泥在池內應呈懸浮狀態，能充分與水接觸和混合；
　　4）活性污泥連續回流，及時排除剩余污泥，使混合液保持一定的活性。
　　醫療廢水處理設備是目前國內外技術、自動化程度高、處理效果好、占地面積小、操作管理簡便且無需專人值守的一套用于國內外各行業醫療綜合污水處理的設備，深受用戶的好評，廣泛應用于國內外疾控中心、醫療機構、中心血站、科研院所、高等院校、分析測試中心、出入境檢驗檢疫、企業等行業醫療綜合污水處理。

診所污水處理設備的結構組成：
　　A、調節池（鋼砼結構，房建承建）由于來水標高低，無法直接流入地埋式生活污水處理設備，在生化一體化設備前增加集水調節池一座。集水提升池內裝有兩臺潛水提升泵，將集水提升池內的廢水提升至一體化污水處理設備。調節池同時起到均化水質和水量的作用。
　　B、格柵調節池的廢水由提升泵抽至一體化污水處理設備格柵前，格柵對污水中含有各類漂浮物質加以攔截。以防止堵塞后續的水泵或處理設備；避免在后續水池內沉淀，增加檢修次數。
　　C、生物接觸氧化池（包括一氧池及二氧池）在生物接觸氧化池中，通過鼓風機和微孔曝氣器對污水中不斷供氧，利用好氧微生物來氧化有機物，使污水中的COD、BOD大大降低，后達到排放標準。
　　D、沉淀池
　　經過生化后的污水進入沉淀池，污水中的懸浮物部分沉降于池底，得到澄清的污水從沉淀池另一端的溢流堰流出。沉淀池積累的污泥通過污泥泵回流到接觸氧化池。沉淀池采用斜板沉淀池的形式，以增加沉淀效果，出水水質。
　　E、污泥池
　　沉淀池底部的污泥在重力的作用下進入污泥池，污泥池的污泥由污泥泵定期回流至生物接觸氧化池，既生化池的污泥量又可以好氧消化掉部分污泥。
　　F、清水消池
　　消池接收來自沉淀池的溢流水。消池內投加次氯酸鈉溶液，殺滅處理后水中殘存的大腸桿菌等有有害微生物，出水。
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牙科污水處理設備特點：
　　一、設備集保護、信號、顯示功能與一體，采用全自動控制，接通電源，進水后既可運行。
　　二、采用的工業級芯片，線不出芯片，電氣隔離和電磁屏蔽設計符合相關標準，使裝置的硬件系統具有高抗干擾的能力和工作可靠性。
　　三、系統采用模塊化設計，不會產生水路不通的現象。
　　四、設備采用過濾--吸附--滅菌的處理工藝，保障出水水質達標。
　　五、采用紫外線殺菌方式，殺菌時間短，滅菌能力強。
　　六、設備上方留有手動投藥口，以備不時之需。